默克限制性內切酶圖譜又稱DNA的物理圖譜，它由一系列位置確定的多種限制性內切酶酶切位點組成，以直線或環狀圖式表示。在DNA序列分析、基因組的功能圖譜繪制、DNA的無性繁殖、基因文庫的構建等工作中，建立限制性內切酶圖譜都是不可缺少的環節
默克限制性內切酶能特異地結合于一段被稱為限制性酶識別序列的DNA序列之內或其附近的特異位點上，并切割雙鏈DNA。它可分為三類:Ⅰ類和Ⅲ類酶在同一蛋白質分子中兼有切割和修飾(甲基化)作用且依賴于ATP的存在。
構建DNA限制性內切酶圖譜有許多方法。通常結合使用多種限制性內切酶，通過綜合分析多種酶單切及不同組合的多種酶同時切所得到的限制性片段大小來確定各種酶的酶切位點及其相對位置。酶切圖譜的使用價值依賴于它的準確性和準確程度。
對質粒DNA酶切反應而言，限制性內切酶用量可按標準體系1μgDNA加1單位酶，消化1-2小時。但要完全酶解則要增加酶的用量，一般增加2-3倍，甚至更多，反應時間也要適當延長。
所用的酶量取決于DNA的純度、量和型態。限制性內切酶的活力單位定義為在適當的溫度下，在1小時內，1ugDNA在50ul體積中，被完全消化所需的限制性內切酶的量。一般說來，線性DNA比超螺旋DNA更易消化。
那么，如何保存限制性內切酶？不太常用的限制性內切酶多保存在-70oC，每周或每天用的酶保存在-20oC。有一些酶需要不同的保存條件。使用限制性內切酶時，應將酶保存在冰上。
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